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lncRNA测序

原文链接:和元生物——lncRNA测序

简介
 

长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200 nt 的非编码RNA(ncRNA),广泛存在于各种生物体内,在表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用,与动植物的生长发育,人类的疾病发生有着密切关系,也可作为疾病诊断的标志物或是重要靶点。

利用高通量测序技术进行lncRNA 测序及生物信息学分析,可快速准确地发现那些具有重要调控功能的lncRNA,分析其与特定生物学过程的关系,深入探索lncRNA的功能及其表达调控机制。包括竞争结合miRNA的ceRNA调控机制,及对染色质结构进行一系列调控如增强子、启动子、绝缘子等。

 

样本起始量与送样建议

样本类型起始量
动物及临床脏器组织/脑组织等>20mg
动物及临床皮肤/骨/血管/脂肪组织等>100mg
植物叶片组织/花>200mg
植物根/茎/果实/种子>500mg
原代细胞/细胞系>5×106
中性粒细胞/嗜酸性粒细胞/嗜碱性粒细胞>5×107
外泌体样本>1×108
血清/血浆/脑脊液/关节积液/卵泡液>2mL
细胞培养上清液>20mL
尿液>30mL
总RNA>1μg且RIN>7.0

注意事项:
① 组织样本建议保存在RNAlater、RNAHold、RNAProtect等相关组织保存液中,然后-80℃保存或干冰寄送;
② 细胞样本使用TRIzol等裂解液充分裂解之后,-80℃保存或干冰寄送
③ 更加详细的样本准备指南,请联系在线客服

 

生物信息学分析流程与分析内容

lncRNA分析内容 备注 
测序数据质控测序原始数据量及cleandata数据量统计
测序质量Q20 Q30 GC含量统计,去除原始下机数据中的接头、低质量及污染序列
基因组比对参考基因组比对/区域比对
染色体密度分布
表达分析基因/转录本表达总谱
样本基因表达值分布统计
样本不同基因表达值区间分布统计
样本基因转录本覆盖深度统计
基因表达值密度图
基因表达水平盒型图
样本相关性分析Pearson/Sperman相关性分析
PCA聚类分析
mRNA分析基因差异分析
转录本差异分析
差异基因火山图
差异基因整体统计图
差异基因聚类热图
差异基因GO富集分析
差异基因KEGG富集分析
GSEA分析
lncRNA分析转录本重构和lncRNA预测
lncRNA表达分析
lncRNA差异表达分析
差异lncRNA火山图
差异lncRNA整体统计
差异lncRNA聚类热图
lncRNA和mRNA结构特征比较lncRNA和mRNA长度比较
lncRNA和mRNA的ORF分布
lncRNA和mRNA外显子数目统计
lncRNA和mRNA表达水平统计
lncRNA靶基因预测
lncRNA靶向差异基因GO富集分析
lncRNA靶向差异基因KEGG富集分析
SNP/INDEL分析SNP/INDEL数目统计
SNP/INDEL所在位置
SNP突变型态统计
基因区域SNP和INDEL注释
可变剪切分析可变剪切类型统计
可变剪切可视化

 

应用场景与案例
 

应用场景1:启动子/增强子调控
适用范围:非线性转录调控、新顺式作用元件发现及功能鉴定、组织特异性启动子筛选及确定等研究


lncRNA的自身转录会干扰其邻近编码蛋白的基因的转录。上游lncRNA转录时,会穿越邻近靶基因的启动子区,干扰了转录因子与靶基因的启动子结合,从而抑制靶基因的转录。此外,lncRNA具有促进增强子环化和激活基因表达的功能。在没有成环的情况下增强子处于非活性状态。

应用场景2:与蛋白修饰/DNA甲基化/m6A联合
适用范围:临床医学、基础医学、植物遗传育种等研究


lncRNA参与表观调控,可能是招募一些染色质重构复合体来介导基因沉默,尤其是一些与组蛋白修饰相关的组蛋白甲基转移酶的调控。此外,lncRNA还能与一些DNA甲基化和去甲基化酶结合使得基因的启动子区发生甲基化的变化从而影响基因表达。

应用场景3:ceRNA调控机制
适用范围:环境应激、临床医学、植物遗传育种、疾病早期诊断等研究


ceRNA全称competing endogenous RNA,是一种能够竞争结合RNA的作用元件。通常lncRNA和circRNA会竞争结合miRNA,我们一般把lncRNA和circRNA可以称作ceRNA。ceRNA调控网络全称ceRNAregulation network,指的是有ceRNA参与的整个调控网络cascade。而ceRNA分析指的是对整个ceRNA调控网络进行分析。一般有circRNA-miRNA-mRNA分析或lncRNA-miRNA-mRNA分析。

 

项目流程
 

和元生物真核有参转录组测序可以为研究人员提供从样本提取、建库测序、数据分析等一系列完整的服务流程,提供高质量的数据结果,并为后续研究提供强有力的参考依据。

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